Durante muchos siglos, el pueblo saharaui fue prácticamente desconocido por los europeos. No se puede hablar de presencia colonial europea hasta finales del siglo XIV y principios del XV, cuando portugueses y españoles desembarcan en la costa saharaui. La rivalidad entre Portugal y España por la conquista del territorio acaba con el Tratado de Tordesillas (1494) que otorga el derecho de conquista en España.
Con la Conferencia de Berlín (1884-1885) se acelera el reparto colonial de África, sin tener en cuenta las realidades culturales, étnicas o históricas; de esta manera Francia se queda con Marruecos, Mauritania y Argelia, y España con el Sáhara Occidental y Guinea, convirtiéndose así el Sáhara Occidental en un protectorado. Poco después de este reparto, España firmaba con el pueblo saharaui el Tratado de Yjil, por el que se comprometía a protegerlos de posibles agresiones exteriores.
Hasta prácticamente el 1947, el Sáhara sólo era importante por sus bancos de pesca, pero a partir de esa fecha comenzaron las explotaciones de yacimientos de fosfatos, níquel, cromo, platino, oro, plata y estaño, se encontraron bolsas de agua e, incluso, se hicieron prospecciones petroleras.
Estos descubrimientos de carácter económico coincidieron con la independencia de Marruecos, en 1956, que hasta entonces había sido un protectorado franco-español; resurgió así la idea del «Gran Marruecos» que incluiría Marruecos, el Sáhara Occidental, Mauritania, Argelia y Mali.
Con el ingreso de España en las Naciones Unidas en 1955 y, por tanto, con la obligación de aceptar la descolonización, la dictadura franquista modifica la organización del Estado y en 1958 el Sáhara Occidental deja de ser una colonia para pasar a ser una provincia más de España.
A finales de los años setenta en el Sáhara comienza a surgir un movimiento nacionalista importante, el MAS (Movimiento de Liberación Saharaui), que el 17 de junio de 1970 convoca una manifestación para denunciar la política colonialista española y exigir la independencia. Hay que tener presente que el gobierno de la dictadura aplica la Ley de Secretos Oficiales en todo lo que se refiere al Sáhara Occidental.
El 10 de mayo de 1973 se funda en la clandestinidad el Frente Polisario (Frente Popular para la Liberación de Saguia el-Hamra y Río de Oro), comenzando poco tiempo después, por parte del ala militar, las acciones contra intereses españoles en el territorio.
A finales de 1973 aumentan las presiones hacia el Estado español para que resuelva el problema colonial concediendo la autodeterminación del pueblo saharaui, ofreciendo el gobierno español, como alternativa, un estatuto de autonomía; pero la ofensiva diplomática de Marruecos en contra y el inicio de la agonía del dictador Franco hacen que en la práctica este estatuto quede vacío de contenido.
En 1974 España acepta la propuesta de la ONU de iniciar el proceso de autodeterminación mediante un referéndum que debía tener lugar la primera mitad del año 1975. Marruecos se opuso a esta solución y solicitó el dictamen del Tribunal Internacional de Justicia de La Haya. En mayo de 1975 una comisión de la ONU informaba favorablemente sobre el proceso de autodeterminación del Sáhara y en octubre la sentencia del Tribunal Internacional de Justicia de La Haya negaba cualquier derecho histórico de Marruecos sobre el Sáhara.
El mismo día que se hizo pública la sentencia, el rey de Marruecos, Hassan II, anunciaba el inicio de la «Marcha Verde». Unos 350.000 marroquíes, exacerbados por los discursos nacionalistas, iniciaban el recorrido hacia el Sáhara, con la intención de invadirlo. El 9 de noviembre Hassan II anunciaba el final de la Marcha Verde, una vez conseguidas las garantías españolas que el conflicto se resolvería a favor de Marruecos.
El 14 de noviembre de 1975, ante el estupor de la ONU y del mundo entero, se firmaron los Acuerdos Tripartitos de Madrid, por los que el gobierno español cedía el Sáhara Occidental a Marruecos y Mauritania.
El 24 de noviembre entran los primeros funcionarios marroquíes en territorio saharaui y en casi tres meses se hace la transferencia de funciones. A continuación comienza una fuerte represión de las tropas de Marruecos y Mauritania en contra de los saharauis no partidarios de la anexión. El 26 de febrero de 1976 España abandona definitivamente el Sáhara. Comienza una guerra.
Desde principios de 1976 la población saharaui inicia el éxodo hacia el interior del país y, posteriormente, hacia los campamentos de refugiados situados en territorio argelino. Los ataques contra los campamentos saharauis instalados en el desierto son de gran violencia, incluso bombardean con napalm y fósforo blanco.
El 27 de febrero de 1976, en el campamento de Bir-Lehlu se proclama la República Árabe Saharaui Democrática, la RASD. Su brazo militar, el Ejército de Liberación Popular Saharaui, desarrolla ofensivas contra las tropas invasoras, tanto en el territorio nacional saharaui como en las bases de la retaguardia situadas en el sur de Marruecos y el norte de Mauritania.
En 1979 Mauritania firma la paz con la RASD, reconociendo así los derechos del pueblo saharaui y renuncia a la parte del Sáhara Occidental que le correspondió según los Acuerdos Tripartitos de Madrid. Acto seguido, Marruecos anuncia la anexión de la zona a la que renunció Mauritania, convirtiéndose en la única potencia invasora.
Después de la batalla de Uarkliz (marzo de 1980), que supuso una severa derrota del ejército de Hassan II, Marruecos pone en marcha una nueva estrategia: la construcción de muros defensivos. En realidad, estos muros son terraplenes de arena rodeados de alambradas y campos de minas en la que, aproximadamente cada 10 km, se destaca un regimiento. Tras los muros hay situados los radares que abarcan un radio de entre 15 y 60 km. La parte del muro controlada por el Frente Polisario está sembrada de minas sembradas por el ejército marroquí.
En febrero de 1982 la RASD pasa a formar parte de la Organización para la Unidad Africana (la OUA) y en respuesta de ello Marruecos se retiró.
Desde la aceptación marroquí, en 1981, de la propuesta de las Naciones Unidas sobre la celebración de un referéndum sobre la autodeterminación del Sáhara, el año 1988 supone un punto de inflexión en el proceso: Marruecos y Argelia suavizan sus posiciones, el Polisario muestra nuevamente su voluntad de negociar con Hassan II y al final de año se produce una tregua. El Estado español manifestó su deseo de colaborar técnicamente en la realización del referéndum, ya que el único censo fiable es el español de 1974.
Desde 1988 hasta 1991 prosiguen las negociaciones entre las partes en conflicto. Finalmente, en abril de 1991 la ONU pone en marcha el proceso para la realización del referéndum sobre la autodeterminación del Sahara. El primer paso fue la creación de la Misión de las Naciones Unidas para el Referéndum del Sáhara Occidental (MINURSO). El calendario y el plan de acción de las Naciones Unidas preveía que el referéndum se llevaría a cabo a finales de enero de 1992, después de un alto al fuego que entraría en vigor el 6 de septiembre de 1991.
Una vez interrumpidas las acciones bélicas se procedería al intercambio de prisioneros y la liberación de presos políticos, así como a una amnistía general y a la suspensión de cualquier ley o medida que pudiera obstaculizar el referéndum. En tal caso, hasta la publicación de los resultados del referéndum, la ONU asumiría el control del territorio. Así, la Comisión de identificación de la MINURSO debía actualizar el censo español de 1974 y debía facilitar la identificación a las personas con derecho a voto en el referéndum. Después de tantos años, el referéndum sigue sin hacerse. La causa de este retraso es la actitud marroquí, sobre todo en cuanto al censo electoral.
Como ya se ha dicho, se tomó como base el censo realizado por las autoridades españolas, corregido con las incorporaciones de todas las personas que habían vivido permanentemente en el Sáhara Occidental entre 1955 y 1975. El Gobierno marroquí ha intentado, sin mucho éxito, la inclusión de la población marroquí en este censo propiciando los traslados en el territorio del Sáhara ocupado.
En el año 2001 hubo nuevas tensiones entre las dos partes propiciadas, en parte, por la prepotencia del nuevo rey de Marruecos, Mohammed VI: el enviado personal del secretario general de la ONU, J. Baker, presenta bajo los auspicios de Francia, un plan «de acuerdo-marco» que se traduce en una «autonomía» sin contenido político dentro del reino de Marruecos, apoyando la anexión del Sáhara Occidental. A finales de año, Mohammed VI hizo una visita a los territorios ocupados para demostrar su soberanía.
En 2002, la OUA se transforma en UA (Unidad Africana) y la RASD forma parte del núcleo fundador de la Organización continental, además de ocupar una de las vicepresidencias. En el primer trimestre de 2002, la Oficina Jurídica de la ONU, a solicitud del F. Polisario, examinó el estatus jurídico del territorio del Sáhara Occidental y se reafirmó en la ausencia de vínculos de soberanía de Marruecos sobre el territorio en conflicto, que se considera pendiente de descolonización, y llama la atención de las empresas petrolíferas francesas y norteamericanas (Total Fina Elf y Kerr-McGee) que han obtenido contratos de explotación de las autoridades marroquíes.
Dada la imposibilidad de una solución al conflicto, el Consejo de Seguridad de la ONU, en una resolución del mes de abril de 2002, presentó cuatro propuestas, siendo éstas las siguientes:
- Celebración del referéndum de autodeterminación.
- Plan Marco: autonomía del Sáhara Occidental bajo soberanía marroquí.
- Reparto del territorio siguiendo el precedente de 1976 (acuerdo entre Marruecos y Mauritania), según el cual el norte sería para Marruecos y el sur para el Polisario, que podría declarar un Estado independiente con capital en Dajla.
- Retirada de la MINURSO.
Han pasado muchos años desde que la ONU y la OUA, con el Plan de Paz para el Sáhara Occidental, abrieron un esperanzador proceso de pacificación con el fin de permitir al pueblo saharaui ejercer su legítimo derecho a la autodeterminación y a vivir en paz y libertad en su territorio. Las expectativas iniciales han derivado en períodos sucesivos de optimismo y decepción a lo largo de estos años. Desde entonces, todas las actuaciones de Marruecos han sido dirigidas a entorpecer el proceso y retrasar la celebración del referéndum de autodeterminación del pueblo saharaui previsto en el Plan de paz.
Mientras tanto, el pueblo saharaui se encuentra dividido entre el Sáhara Occidental ocupado por Marruecos (los llamados territorios ocupados), donde los saharauis son reprimidos y discriminados como pueblo, y los campamentos de refugiados situados en la provincia de Tindouf (Argelia), donde esperan año tras año la posibilidad de volver a su tierra y tener al fin un Sáhara Libre.