Actualmente la Asociación se organiza básicamente en torno a tres grandes comisiones, de acuerdo con los tres grandes ejes de actividad: Vacaciones en Paz, Salud y Sensibilización. Si quieres conocer la actividad de cada una de ellas y participar sólo tienes que visitar el apartado Proyectos o contactar con nosotros para tener más información.

Por otra parte, como toda asociación, la AAPSIB tiene una junta directiva que se reúne periódicamente y que es la encargada de regirla, administrarla y representarla. La Junta se elige cada 3 años a través de la Asamblea General.

La Asamblea General se reúne ordinariamente una vez al año para tratar los asuntos de mayor trascendencia, como la aprobación de los presupuestos y el programa de actividades.